《海军罪案调查处第二十一季》的剧情紧接上一季的尾声，继续深入探索海军内部的复杂案件。本季开篇，托雷斯在与一名持枪男子的激烈对峙后，意外被联邦调查局逮捕，并被严厉指控犯有谋杀罪。这起案件瞬间引起了海军内部的震动，也引发了外界对海军纪律和调查机制的广泛关注。

调查团队在深入调查后发现，与托雷斯对峙的男子并非普通罪犯，而是托雷斯和家人多年前移民美国时遭遇的复杂历史中的关键人物。这一发现让案件更加扑朔迷离，也让托雷斯的前途更加堪忧。在接下来的剧情中，调查团队将努力揭开真相，为托雷斯洗清罪名，同时也将面对海军内部的各种挑战和阻碍。