《萌医甜妻》的剧情围绕着女主角田七展开。原本在太医院任职小太医的她，因一场意外被调至节度使府。在这里，她遇到了冷酷无情的节度使纪衡，两人性格迥异，频频产生冲突和误会。然而，随着时间的推移，田七的聪明才智和善良逐渐打动了纪衡，两人之间产生了微妙的情感。

与此同时，田七的真实身份也逐渐浮出水面。她原是为了复仇而进入皇宫，盗用他人身份入宫，而她的真实身份是忠臣的后人季昭。随着七年前的案件逐渐揭开，田七和纪衡之间的感情也经受了重重考验。最终，两人携手解决了所有困难，揭露了奸臣的真面目，为田七的家族洗清了冤屈。这段充满乌龙和爆笑的错位萌恋，在真相大白后也收获了美满的结局。